I maj 1675 kom den 12-årige Johan Johansson Grijs till Stockholm från Gävle för att bo hos släktingen hökare Lindh i Katarina församling. Johan var ett av de barn som tidigare pekat ut häxor i Gästrikland – bland dem sin egen mor – och när han kom till Stockholm talade han så mycket om Blåkulla med kvarterets barn att de vuxna snart kom att tro att han kände väl till platsen. Snart började även fler barn påstå att de blev bortförda till Blåkulla om nätterna och några av dem som utpekades som skyldiga var de båda systrarna Britta och Anna Sippel samt Anna Månsdotter. Alla dömdes till döden mot sitt nekande och avrättades.

Rättegångarna fortsatte, liksom avrättningarna. Två kvinnor vid namn Anna Simonsdotter och Malin Matsdotter fälldes på vittnesmål av sina egna barn. Den sistnämnda vägrade bekänna och brändes därför levande – det enda dokumenterade fallet av levande bränning under de svenska häxprocessernas tid. Två unga pigor var så tagna av den allmänna hysterin att de anmälde sig själva.

Samtidigt kom häxprocessen i Katarina att bli början till slutet för häxhysterin. Alltfler ifrågasatte rättegångarna, de många vittnesmålen från barn och även den tortyr som de anklagade utsattes för. När den åtalade Margareta Matsdotter ”Duvan” torterades till bekännelse, men senare återtog den då tortyren upphört, ledde detta till en häftig debatt om både relevansen i vittnesmålen och metoderna för att få fram ett erkännande.

Några av dem som häftigast ifrågasatte processerna var Storkyrkans kaplan Eric Noraeus, läkaren och naturvetaren Urban Hjärne samt Jacobus Chronander, häradshövding på Gotland. Till sist beslöt man att iaktta en större skepticism till barnens vittnesmål.

Vändpunkten för både Katarina häxprocess, och häxprocesserna i övriga landet, kom den 11 september 1676. Den femtonåriga Annika Thomsdotter väckte misstankar med sitt vittnesmål och när hon pressades erkände hon att hon begått mened. Hon pekade även ut fler som farit med osanning och hela sjutton barn erkände att de ljugit.

Johan Johansson Grijs ansågs vara en av de mest pådrivande menedarna. Han dömdes till döden och avrättades den 20 december 1676. De övriga barnen som vittnat falskt dömdes till piskning och tukthus.

Den trolldomskommission som inrättats i början av 1670-talet kom, efter häxprocessen i Katarina, istället att arbeta med att förhindra häxprocesser. Samma år beordrades landets alla präster att hålla tacksägelseböner för sina församlingar med budskapet att landet nu för alltid var renat från häxeri – detta för att förhindra ytterligare anklagelser. De präster som fortfarande framhöll att häxerierna varit verkliga läxades upp av kommissionen. Men även efter Det stora oväsendet inträffade det då och då rättegångar om häxeri. Den sista att avrättas var Anna Eriksdotter från Lista socken, som halshöggs för häxeri 1704.

Den sista svenska häxprocessen ägde rum i Åls församling i Dalarna mellan 1757 och 1761. Tretton kvinnor och fem män anklagades för häxeri efter att boskap dött på ett till synes oförklarligt sätt. De torterades så svårt att flera av dem fick men för livet, och om det hela inte uppmärksammats på riksnivå är det troligt att de också skulle ha dömts till döden och avrättats. Men 1761 hade Sverige gått in i upplysningstiden, och en häxprocess ansågs både ovärdigt och genant. Processen i Ål debatterades till och med i riksdagen, och den avslutades 1761 med att de anklagade frikändes helt och dessutom fick ekonomisk ersättning för sitt lidande.

1779 avskaffades dödsstraffet för häxeri och pakter med djävulen. Men ända in på 1800-talet förekom det rykten om häxeri och trolldom. 1858 drabbades Gagnef och Mockfjärd av häxhysteri och så sent som på 1880-talet påstod en kvinna i Gagnef att hon brukat resa till Blåkulla, något som visar att folktron och vidskepelsen levde kvar långt efter att häxprocesserna förklarats olagliga.